16 天前

U-Net:用于生物医学图像分割的卷积网络

U-Net:用于生物医学图像分割的卷积网络

摘要

目前普遍认为,深度网络的成功训练需要数以千计的标注训练样本。本文提出了一种网络架构与训练策略,通过充分运用数据增强技术,更高效地利用现有的标注样本。该网络结构包含一个收缩路径以捕捉上下文信息,以及一个对称的扩展路径,从而实现精确的定位。我们证明,此类网络仅需极少数量的图像即可实现端到端训练,并在电子显微镜图像中神经元结构分割的ISBI挑战赛中,超越了此前最优方法(滑动窗口卷积网络)。此外,使用同一网络在透射光显微镜图像(相位对比和DIC)上进行训练,我们在2015年ISBI细胞追踪挑战赛中,于相关类别中以显著优势获胜。同时,该网络具有极高的运行速度:在最新GPU上,对一幅512×512图像进行分割耗时不足一秒。完整的实现代码(基于Caffe框架)及训练好的网络模型已公开,可访问:http://lmb.informatik.uni-freiburg.de/people/ronneber/u-net。

代码仓库

muramasa8191/DeepLearning
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neshitov/UNet
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IAmSuyogJadhav/Brainy
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SharadGitHub/OctaveUnet
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brunasil98/u-net_Cancer
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manideep2510/eye-in-the-sky
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sathvikyesprabhu/brats-dl
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Zakobian/CT_framework_
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xahidbuffon/SUIM
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hamdaan19/NavGuide
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sd2001/UNets
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Cjl-MedSeg/U-Net
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nithi89/unet_darknet
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neuropoly/multiclass-segmentation
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xiey1/Nucleus_detection
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sigtot/unet-auto
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KarthikDulam/U-NetCNN
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TanyaChutani/U-Net
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trichtu/ConvLSTM-RAU-net
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tarit21/Speech-Enhancement-module
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ZeeTsing/Carvana_challenge
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oliverz17/Unet_Keras
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qubvel/segmentation_models
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vdurnov/xview2_1st_place_solution
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Suvoo/U-Net
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celinechanny/FV-UPatches
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julia-bush/unet_TGS
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vietanhdev/open-adas
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pvjosue/LFMNet
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YourGc/Unet_jinnan2
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shreyaspadhy/unet-zoo
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Holmes1204/PyTorch_Unet
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Barak123748596/CVDL_course_project
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shanglianlm0525/CvPytorch
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FelixGruen/tensorflow-u-net
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gregbugaj/unet-reference-impl
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HadiZayer/UNet_pytorch
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jiye-ML/unet_pytorch
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xkhoanamx1/lung_crop_xray
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sakasakasa/U-Net
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frgfm/Holocron
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Jeongseungwoo/U_net
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shivamkhare95/Unet_graph
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sandeepsinghsengar/Pytoarch-UNet
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Jo-dsa/SemanticSeg
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pirate0109/UNet_in_Pytorch
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dry01/segmentation-
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IRVLab/SUIM-Net
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georgeyiasemis/U-Net-PyTorch
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pydsgz/DeepVOG
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a-martyn/unet
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iibrahimli/unet_sem_seg
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akrsrivastava/Unet
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andrewowens/multisensory
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IlliaOvcharenko/lung-segmentation
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salem-devloper/final
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lrr-rachel/PCDUNet
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pmcgrath249/UNet
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GewelsJI/PNS-Net
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park-cheol/ASR-DCUnet
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nbouteldja/kidneystaintranslation
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lbareiro/Image_Segmentation-master
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anoushkrit/Knowledge
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ruixif/Unet_keras
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sraashis/deepdyn
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MargeryLab/Pytorch-UNet-copy
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clarencenhuang/dl-colorize
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trichtu/Recurrent_Attention_U_net
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mtancak1/PyTorch-UNet-BraTS20
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Yashgh7076/CU-Thesis
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switch23/U-Net
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vbelz/Speech-enhancement
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DeepTrial/Retina-VesselNet
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iarai/weather4cast
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sowit-labs/grassUNet
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Owais-Ansari/Unet3plus
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SixQuant/U-Net
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LeeJunHyun/Image_Segmentation
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tsixta/jnet
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usnistgov/small-data-cnns
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Gojay001/toolkit-DeepLearning
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hycis/TensorGraph
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JosephPB/XNet
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jovenwayfarer/pneumonia
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PlumedSerpent/tmp_perspective_map
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tatigabru/kaggle-lyft
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vankhoa21991/medicalImgSEg
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MatthewQi2002/Unet_mindspore
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sraashis/ature
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salimkhazem/U-net-Segmentation
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TheRealBaka/Models-in-PyTorch
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yassouali/pytorch_segmentation
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IRVLab/SUIM
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badrbmb/cities-watch
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mfp0610/semantic-segmentaion
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vlievin/Unet
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LuanAdemi/VisualGo
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rahul13ramesh/cloud_understanding
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EPFL-VILAB/3DCommonCorruptions
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kritanu82/healthif.ai
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galprz/brain-tumor-segemntation
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zampie/unet-colorization-pytorch
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DevBruce/Segmentation-UNet-PyTorch
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biss/unet
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milesial/Pytorch-UNet
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Daonancai/unet_muti_class
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cabeen/neu-net
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chenyizi086/wu.2023.sigspatial
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aksub99/U-Net-Pytorch
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imagine5am/ARU-Net
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EPFL-VILAB/XDEnsembles
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Adityarajora/qwerty
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schopfej/pytorch_unet_jvanvugt
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Maveric4/pr19aaw01
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qianpeisheng/Unet_semicon
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charlychiu/U-Net
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bfortuner/pytorch_tiramisu
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Hsankesara/DeepResearch
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rezazad68/BCDU-Net
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banus/umf_unet
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perslev/MultiPlanarUNet
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jamiljami/Unet
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shirans/cv_course_project
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kaichoulyc/course_segmentation
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clemkoa/u-net
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vetlebh/unet
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galprz/brain-tumor-segmentation
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xamyzhao/brainstorm
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gvtulder/elasticdeform
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IgorZaton/Mini-Projects
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Hayashi-Yudai/ML_models
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Tu-kun/cultivated_landdivision
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pwochner/cmr_segmentation
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ajaystar8/UNet-PyTorch
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ljllili23/unet_baseline
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anxingle/UNet-pytorch
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lab-midas/med_segmentation
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chinakook/U-Net
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jakeret/tf_unet
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Nguyendat-bit/U-net
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0xzayd/Wnet-cGAN
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kwcckw/unet_magnetic_tiles_defects
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sandeepsinghsengar/U-Net
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Osdel/ssnets
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zhiggins11/Semantic-Segmentation
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osmr/imgclsmob
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upc-postgrads/BrainScan
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rrkotik/k_salt_identification
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brdiep113/UNet
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EvaBr/AnatomyNets
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BaiqingL/CS523-Final
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mberkay0/pretrained-backbones-unet
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pmcgrath249/DeepCV_Lab
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2023-MindSpore-1/ms-code-66
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orobix/retina-unet
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ArkaJU/U-Net-Satellite
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vamsi3/pix2pix
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pmcgrath249/DMMFODS
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koshian2/OctConv-TFKeras
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HanYong201308/Pytorch-UNet2
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2023-MindSpore-1/ms-code-183
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it6aidl/outdoorsegmentation
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gundeep15/SCD_AI_Project
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anandjebakumar/unet
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MoaazK/unet-transformer
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rishikksh20/ResUnet
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kilgore92/PyTorch-UNet
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hydrogo/rainnet
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HHY-ZJU/Unet
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ShahedSabab/imagePrep
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CellSMB/EM-net
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DaloroAT/first_break_picking
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mariosfourn/ScienceBowl
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TheInfamousWayne/UNet
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hemanth346/mde_bs
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chakerouari/UNET_segmetation
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lurenhaothu/CWMI
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kannyjyk/Nested-UNet
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sremes/a2d2
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BboyHanat/U-Net
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westgate458/xb-net
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Sharut/CT_Segmentation
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2023-MindSpore-1/ms-code-118
mindspore
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preritj/segmentation
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TonyRays/U-net
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ganeshpawar95/removebg1
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KeyG518/Unet_Cell_segmentation
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condiff-dataset/ConDiff
jax
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pmcgrath249/DeepCVLab
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asylve/Sea-Ice
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gomezzz/distmsmatch
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ethanhou99/ml_learn
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kilgore92/Probabalistic-U-Net
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kelvin-jose/UNet
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hyunjoonbok/Unet-pytorch
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highwaywu/tianchi-fft2
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EvgenyDyshlyuk/Oil_Seep_Detection
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TobiasGruening/ARU-Net
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noornk/U-Net
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daxiaHuang/brainstorm
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NERSC/sc21-dl-tutorial
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karolzak/keras-unet
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aschethor/Spline_PINN
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ahedayat/U-Net
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jqueguiner/camembert-as-a-service
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ternaus/TernausNetV2
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sinandeger/RedeemTheBoar
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Hedgehogues/HoChiMinh
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Kissonis/Quantum_test
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pietz/unet-keras
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J-jjj7230/u-net_model
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ajjdan/KaI
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s9mondal9upriti/U-Net
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anminhhung/FPT_Hackathon
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jerichooconnell/tf_unet
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cosmic-cortex/pytorch-UNet
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klin059/lits
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ryanxingql/powerqe
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2023-MindSpore-1/ms-code-67
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jakeret/unet
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gorjida/ap-unet
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alexklibisz/deep-calcium
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DIUx-xView/xView2_first_place
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xahidbuffon/SVAM-Net
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archit31uniyal/DC-Gnet
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ajoshiusc/qrsegment
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MoaazK/comp511-project
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ivboh/3d_image_segmentation
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jvanvugt/pytorch-unet
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imagesegmentation2020/indoor
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massucattoj/unet-model
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Adarol/u-net
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laxmichary/Pytorch-UNet
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hayashimasa/UNet-PyTorch
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samson6460/tf2_Segmentation
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overshiki/unet-pytorch
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salem-devloper/COVID-Lung-Segment
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salem-devloper/lung-chaker
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vqdang/xy_net
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ucuapps/WSMIS
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vqdang/hover_net
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jiandai/mlTst
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zh320/medical-segmentation-pytorch
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mitmedialab/unet4birds
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ashishpapanai/uNet
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fepegar/unet
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p-mc-grath/DMMFODS
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sk1123344/U-2-NET-and-U-NET
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基准测试

基准方法指标
cell-segmentation-on-stareU-Net
AUC: 0.7756
colorectal-gland-segmentation-on-cragFCN8 (e)
Hausdorff Distance (mm): 199.5
colorectal-gland-segmentation-on-cragU-Net (e)
Dice: 0.844
Hausdorff Distance (mm): 196.9
colorectal-gland-segmentation-on-stareU-Net
AUC: 0.835
colorectal-gland-segmentation-on-stareFCN8 (e)
AUC: 0.796
colorectal-gland-segmentation-on-stareU-Net (e)
AUC: 0.827
crack-segmentation-on-crackvision12kUNet
mIoU: 0.60333
dichotomous-image-segmentation-on-dis-te1UNet
E-measure: 0.750
HCE: 233
MAE: 0.106
S-Measure: 0.716
max F-Measure: 0.625
weighted F-measure: 0.514
dichotomous-image-segmentation-on-dis-te2UNet
HCE: 474
MAE: 0.107
S-Measure: 0.755
max F-Measure: 0.703
weighted F-measure: 0.597
dichotomous-image-segmentation-on-dis-te3UNet
HCE: 883
MAE: 0.098
max F-Measure: 0.748
weighted F-measure: 0.644
dichotomous-image-segmentation-on-dis-te4UNet
E-measure: 0.821
HCE: 3218
MAE: 0.102
max F-Measure: 0.759
weighted F-measure: 0.659
dichotomous-image-segmentation-on-dis-vdUNet
E-measure: 0.785
HCE: 1337
MAE: 0.113
S-Measure: 0.745
max F-Measure: 0.692
weighted F-measure: 0.586
dichotomous-image-segmentation-on-stareUNet
AUC: 0.780
electron-microscopy-image-segmentation-onU-Net
AUC: 0.8676
lesion-segmentation-on-anatomical-tracings-of-1U-Net
Dice: 0.4606
IoU: 0.3447
Precision: 0.5994
Recall: 0.4449
lesion-segmentation-on-university-of-waterlooU-Net
Dice score: 0.836 ±0.132
lung-nodule-segmentation-on-lunaU-Net
AUC: 0.9784
F1 score: 0.9658
medical-image-segmentation-on-cvc-clinicdbU-Net
mean Dice: 0.8230
medical-image-segmentation-on-isbi-2012-emU-Net
Warping Error: 0.000353
medical-image-segmentation-on-kvasir-segU-Net
Average MAE: 0.055
S-Measure: 0.858
max E-Measure: 0.893
mean Dice: 0.8180
medical-image-segmentation-on-riteU-Net
Dice: 55.24
Jaccard Index: 31.11
multi-tissue-nucleus-segmentation-on-kumarU-Net (e)
Dice: 0.758
Hausdorff Distance (mm): 47.8
pancreas-segmentation-on-ct-150U-Net
Dice Score: 0.814
Precision: 0.848
Recall: 0.806
pancreas-segmentation-on-tcia-pancreas-ctU-Net
Dice Score: 0.82
retinal-vessel-segmentation-on-chase_db1U-Net
AUC: 0.9772
retinal-vessel-segmentation-on-driveU-Net
AUC: 0.9755
F1 score: 0.8142
retinal-vessel-segmentation-on-rose-1-dvcU-Net
Dice Score: 66.05
retinal-vessel-segmentation-on-rose-1-svcU-Net
Dice Score: 71.16
retinal-vessel-segmentation-on-rose-1-svc-dvcU-Net
Dice Score: 70.12
retinal-vessel-segmentation-on-rose-2U-Net
Dice Score: 65.64
retinal-vessel-segmentation-on-stareU-Net
AUC: 0.7783
F1 score: 0.8373
semantic-segmentation-on-bjroadUNet
IoU: 54.88
semantic-segmentation-on-event-basedU-Net
mIoU: 64.7
semantic-segmentation-on-kvasir-instrumentUNet
mIoU: 0.8578
semantic-segmentation-on-selmaUNet
mIoU: 36.2
semantic-segmentation-on-skyscapes-dense-1U-Net
Mean IoU: 14.15
semantic-segmentation-on-stareUNet
AUC: 0.9158
semantic-segmentation-on-trans10kU-Net
GFLOPs: 124.55
semantic-segmentation-on-urbanlfOCR (HRNetV2-W48)
mIoU (Real): 78.60
mIoU (Syn): 79.36
skin-cancer-segmentation-on-kaggle-skinU-Net
AUC: 0.9371
F1 score: 0.8682
thermal-image-segmentation-on-mfn-datasetUNet
mIOU: 45.1
thermal-image-segmentation-on-pst900UNet
mIoU: 52.8
video-polyp-segmentation-on-stareUNet
AUC: 0.459
video-polyp-segmentation-on-sun-seg-easyUNet
Sensitivity: 0.420
video-polyp-segmentation-on-sun-seg-easy-1UNet
S measure: 0.669
mean E-measure: 0.677
video-polyp-segmentation-on-sun-seg-hardUNet
Sensitivity: 0.429
video-polyp-segmentation-on-sun-seg-hard-1UNet
Dice: 0.542
S-Measure: 0.670

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