4 个月前

通过分子结构信息增强文本中的药物-药物相互作用提取

通过分子结构信息增强文本中的药物-药物相互作用提取

摘要

我们提出了一种新的神经方法,利用外部药物分子结构信息从文本中提取药物-药物相互作用(DDIs)。该方法使用卷积神经网络对文本中的药物对进行编码,同时使用图卷积网络(GCNs)对其分子对进行编码,然后将这两个网络的输出连接起来。实验结果表明,图卷积网络能够以高精度从药物的分子结构中预测DDIs,并且分子信息可以将基于文本的DDI提取的F分数提高2.39个百分点,在DDIExtraction 2013共享任务数据集上表现显著。

基准测试

基准方法指标
drug-drug-interaction-extraction-on-ddiMOL+CNN
F1: 0.7255
Micro F1: 72.55

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