4 个月前

VoxelMorph:一种用于可变形医学图像配准的学习框架

VoxelMorph:一种用于可变形医学图像配准的学习框架

摘要

我们介绍了VoxelMorph,这是一种快速的基于学习的框架,用于可变形的医学图像配准。传统的配准方法为每对图像优化一个目标函数,这在处理大型数据集或复杂的变形模型时可能非常耗时。与这种方法不同,并借鉴了最近的基于学习的方法,我们将配准视为一个函数,该函数将输入的一对图像映射到一个能够对齐这些图像的变形场。我们通过卷积神经网络(CNN)对该函数进行参数化,并在一个图像集合上优化神经网络的参数。对于新的扫描对,VoxelMorph可以通过直接评估该函数来快速计算出变形场。在这项工作中,我们探讨了两种不同的训练策略。在第一种(无监督)设置中,我们训练模型以最大化基于图像强度的标准图像匹配目标函数。在第二种设置中,我们利用训练数据中可用的辅助分割信息。我们展示了无监督模型的准确性与现有最先进方法相当,同时运行速度提高了几个数量级。此外,我们还证明了使用辅助数据训练的VoxelMorph在测试时可以提高配准精度,并评估了训练集大小对配准的影响。我们的方法有望加速医学图像分析和处理流程,同时促进基于学习的配准及其应用的新方向的发展。我们的代码可在网址voxelmorph.csail.mit.edu免费获取。

代码仓库

jw4hv/geo-sic
pytorch
GitHub 中提及
CIG-UCL/eddeep
tf
GitHub 中提及
voxelmorph/voxelmorph
官方
tf
GitHub 中提及
winterpan2017/adlreg
pytorch
GitHub 中提及
acasamitjana/3dhirest
pytorch
GitHub 中提及
CIG-UCL/polaffini
tf
GitHub 中提及

基准测试

基准方法指标
diffeomorphic-medical-image-registration-onVoxelMorph Instance
Dice: 0.79
diffeomorphic-medical-image-registration-onVoxelMorph (CC)
CPU (sec): 57.0
Dice (Average): 0.753
GPU sec: 0.45
diffeomorphic-medical-image-registration-on-1VoxelMorph
Grad Det-Jac: 9.2
medical-image-registration-on-ixiVoxelMorph
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medical-image-registration-on-oasisVoxelMorph
DSC: 0.788
val dsc: 84.7
medical-image-registration-on-oasis-adibeVoxelMorph
Dice Score: 76.3

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