3 个月前

DeepPurpose:用于药物-靶标相互作用预测的深度学习库

DeepPurpose:用于药物-靶标相互作用预测的深度学习库

摘要

准确预测药物-靶点相互作用(Drug-Target Interaction, DTI)对于药物发现至关重要。近年来,深度学习(Deep Learning, DL)模型在DTI预测任务中展现出良好的性能。然而,这些模型对初入生物医学领域的计算机科学研究人员,以及缺乏深度学习经验的生物信息学工作者而言,往往难以使用。为此,我们提出了DeepPurpose——一个全面且易于使用的深度学习库,专用于DTI预测。DeepPurpose集成了15种化合物与蛋白质编码器,以及50多种神经网络架构,支持用户自定义DTI预测模型的训练,并提供了多种实用功能。我们在多个基准数据集上验证了DeepPurpose的性能,结果表明其达到了当前最先进的水平。

代码仓库

kexinhuang12345/DeepPurpose
官方
pytorch
GitHub 中提及

基准测试

基准方法指标
drug-discovery-on-davis-dtaDeepPurpose
CI: 0.881
MSE: 0.242
drug-discovery-on-kibaDeepPurpose
CI: 0.872
MSE: 0.178

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