4 个月前

分子编辑图注意力网络:将化学反应建模为图编辑序列

分子编辑图注意力网络:将化学反应建模为图编辑序列

摘要

自动合成规划的核心挑战在于能够生成并预测多种化学反应的结果。特别是在许多情况下,最可能的合成路径由于额外的约束条件而无法应用,这需要提出替代的化学反应方案。鉴于此,我们介绍了分子编辑图注意力网络(Molecule Edit Graph Attention Network, MEGAN),这是一种端到端的编码器-解码器神经模型。MEGAN 的设计灵感来源于将化学反应表示为一系列图编辑操作的模型,类似于箭头推动形式主义。我们将这一模型扩展到逆向合成预测(根据化学反应的产物预测底物)并将其应用于大规模数据集。我们认为,将反应表示为一系列编辑操作使得 MEGAN 能够高效地探索可能的化学反应空间,同时保持端到端建模的灵活性,并在标准基准测试中达到了最先进的准确性。代码和训练好的模型已在线提供,网址为 https://github.com/molecule-one/megan。

代码仓库

molecule-one/megan
官方
tf
GitHub 中提及

基准测试

基准方法指标
single-step-retrosynthesis-on-uspto-50kMEGAN (reaction class unknown)
Top-1 accuracy: 48.1
Top-10 accuracy: 86.1
Top-20 accuracy: 90.3
Top-3 accuracy: 70.7
Top-5 accuracy: 78.4
Top-50 accuracy: 93.2
single-step-retrosynthesis-on-uspto-50kMEGAN (reaction class as prior)
Top-1 accuracy: 60.7
Top-10 accuracy: 91.6
Top-3 accuracy: 82
Top-5 accuracy: 87.5

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