3 个月前

TransMIL:基于Transformer的关联多实例学习用于全切片图像分类

TransMIL:基于Transformer的关联多实例学习用于全切片图像分类

摘要

多实例学习(Multiple Instance Learning, MIL)是一种在全切片图像(Whole Slide Image, WSI)病理诊断中解决弱监督分类问题的有力工具。然而,现有的MIL方法通常基于独立同分布(i.i.d.)假设,忽略了不同实例之间的内在关联性。为解决这一问题,我们提出了一种新的框架——相关性多实例学习(Correlated MIL),并提供了该框架的收敛性证明。基于此框架,我们设计了一种基于Transformer的MIL方法(TransMIL),能够同时挖掘组织形态学与空间结构信息。所提出的TransMIL在处理不平衡/平衡、二分类/多分类任务时均表现出优异性能,且具备良好的可视化能力与可解释性。我们在三个不同的计算病理学任务上进行了广泛实验,结果表明,与当前最先进的方法相比,TransMIL在分类性能和收敛速度方面均表现更优。在CAMELYON16数据集上的二分类肿瘤识别任务中,测试AUC最高可达93.09%;在TCGA-NSCLC数据集和TCGA-RCC数据集上的癌症亚型分类任务中,AUC分别达到96.03%和98.82%。代码实现已开源,地址为:https://github.com/szc19990412/TransMIL。

代码仓库

Ycblue/TransMIL
pytorch
GitHub 中提及
Xiyue-Wang/RetCCL
pytorch
GitHub 中提及

基准测试

基准方法指标
multiple-instance-learning-on-camelyon16TransMIL
ACC: 0.8837
AUC: 0.9309
multiple-instance-learning-on-tcgaTransMIL
ACC: 0.8835
AUC: 0.9603

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