4 个月前

RetroComposer:基于模板的逆合成预测模板构建

RetroComposer:基于模板的逆合成预测模板构建

摘要

逆合成分析的主要目标是递归地将所需分子分解为可用的构建模块。现有的基于模板的逆合成方法遵循一种模板选择模式,但由于训练模板数量有限,这限制了它们发现新反应的能力。为了克服这一局限性,我们提出了一种创新的逆合成预测框架,该框架能够组成超出训练模板范围的新模板。据我们所知,这是首个利用机器学习组成逆合成预测反应模板的方法。此外,我们还提出了一种有效的反应物候选评分模型,该模型能够捕捉原子级别的转化过程,从而帮助我们的方法在USPTO-50K数据集上的表现优于先前的方法。实验结果表明,我们的方法可以为15个USPTO-50K测试反应生成新的模板,而这些反应未被训练模板覆盖。我们已发布了源代码实现。

代码仓库

基准测试

基准方法指标
single-step-retrosynthesis-on-uspto-50kRetroComposer (reaction class as prior)
Top-1 accuracy: 65.9
Top-10 accuracy: 91.5
Top-3 accuracy: 85.8
Top-5 accuracy: 89.5
single-step-retrosynthesis-on-uspto-50kRetroComposer (reaction class unknown)
Top-1 accuracy: 54.4
Top-10 accuracy: 87.7
Top-3 accuracy: 77.2
Top-5 accuracy: 83.2

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