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BERN2:一种先进的神经网络生物医学命名实体识别与标准化工具

Mujeen Sung Minbyul Jeong Yonghwa Choi Donghyeon Kim Jinhyuk Lee Jaewoo Kang

摘要

在生物医学自然语言处理领域,命名实体识别(Named Entity Recognition, NER)与命名实体归一化(Named Entity Normalization, NEN)是两项关键任务,能够实现从不断增长的生物医学文献中自动提取生物医学实体(如疾病、药物等)。本文介绍了BERN2(高级生物医学实体识别与归一化工具),该工具在先前基于神经网络的NER工具基础上进行了改进,通过采用多任务NER模型以及基于神经网络的NEN模型,显著提升了推理速度与准确性。我们期望该工具能够助力大规模生物医学文本的标注,服务于生物医学知识图谱构建等多种任务。


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