3 个月前

一种数据高效的深度学习框架用于组织病理学图像的分割与分类

一种数据高效的深度学习框架用于组织病理学图像的分割与分类

摘要

当前针对炎症细胞结构的组织病理学图像研究,广泛应用于诊断与科研,但通常忽略了活检切片中大量可获取的信息。在自身免疫性疾病中,关于哪些细胞类型参与组织水平的炎症反应,以及它们之间如何相互作用,仍存在诸多关键性的未解科学问题。尽管传统方法可在一定程度上解答这些问题,但人工智能在图像分割与分类方面的应用,为揭示自身免疫性疾病中炎症结构提供了更为高效的方法,展现出巨大的研究潜力。本文中,我们基于人类皮肌炎活检组织,实证性地开发了深度学习方法,用于检测与识别炎症细胞。该方法使分类性能提升了26%,分割性能提升了5%。此外,我们提出一种新颖的后处理自动编码器架构,进一步将分割性能提升了3%。

代码仓库

pranavsinghps1/dedl
官方
pytorch
GitHub 中提及

基准测试

基准方法指标
classification-on-autoimmune-datasetSwin Transformer Base (Patch 4 Window 12)
F1 score: 0.891
classification-on-autoimmune-datasetVANBUREN et all
F1 score: 0.63
medical-image-segmentation-on-autoimmuneUnet with APP
IoU: 0.4983

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