3 个月前

扩散图注意力

扩散图注意力

摘要

图神经网络领域主流的机器学习范式是消息传递图神经网络(Message Passing Graph Neural Networks, MP-GNNs),其核心机制是通过聚合节点局部邻域的信息来更新节点表示。近年来,为克服MP-GNNs固有的若干局限性,研究者们越来越多地尝试将Transformer架构引入图数据处理。然而,设计图Transformer的一个关键挑战在于如何将图结构的任意性有效融入模型架构之中。为此,我们提出Graph Diffuser(GD)来应对这一挑战。GD能够学习图中远距离节点之间的结构与位置关系,并利用这些关系引导Transformer的注意力机制和节点表示的生成。我们证明了现有GNN与图Transformer在捕捉长程依赖关系方面存在明显不足,而Graph Diffuser则能有效建模此类关系,并支持直观的可视化解释。在八个不同基准数据集上的实验结果表明,Graph Diffuser具有极强的竞争力,在多种应用场景中均超越了当前最先进模型。

基准测试

基准方法指标
graph-classification-on-peptides-funcGraph Diffuser
AP: 0.6651±0.0010
graph-regression-on-peptides-structGraph Diffuser
MAE: 0.2461±0.0010
link-prediction-on-pcqm-contactGraph Diffuser
Hits@1: 0.1369±0.0012
Hits@10: 0.8592±0.0007
Hits@3: 0.4053±0.0011
MRR: 0.3388±0.0011

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