3 个月前

CIN++:增强拓扑消息传递

CIN++:增强拓扑消息传递

摘要

图神经网络(Graph Neural Networks, GNNs)在处理图结构数据方面已展现出卓越的性能。然而,其表达能力存在显著局限,难以有效捕捉长程相互作用,且缺乏系统化的方法来建模高阶结构与群体交互。近期提出的细胞同构网络(Cellular Isomorphism Networks, CINs)通过基于细胞复形(cell complexes)的消息传递机制,解决了其中大部分问题。尽管如此,CINs仅利用边界消息和上向消息,未考虑底层复形中环结构之间的直接交互。而此类交互在许多现实世界复杂现象的建模中可能至关重要,例如超分子组装体的动力学行为、大脑中的神经活动模式以及基因调控过程。在本工作中,我们提出CIN++,对CINs中引入的拓扑消息传递机制进行增强。所提出的新型消息传递机制在每一层中允许细胞接收下向消息(lower messages),从而弥补了原有方法的不足。通过更全面地表征高阶结构与长程交互,我们的增强型拓扑消息传递机制在大规模、长程化学基准测试中取得了当前最优的性能表现,显著提升了模型的表达能力与实际应用效果。

代码仓库

基准测试

基准方法指标
graph-classification-on-hiv-datasetCIN++
ROC-AUC: 80.63
graph-classification-on-hiv-datasetCIN++-small
ROC-AUC: 80.26
graph-classification-on-mutagCIN++
Accuracy: 94.4%
graph-classification-on-nci1CIN++
Accuracy: 85.3%
graph-classification-on-nci109CIN++
Accuracy: 84.5
graph-classification-on-peptides-funcCIN++-500k
AP: 0.6569±0.0117
graph-classification-on-proteinsCIN++
Accuracy: 80.5
graph-classification-on-ptcCIN++
Accuracy: 73.2%
graph-regression-on-peptides-structCIN++-500k
MAE: 0.2523
graph-regression-on-zincCIN++
MAE: 0.074
graph-regression-on-zincCIN++-small
MAE: 0.091
graph-regression-on-zincCIN++-500k
MAE: 0.077

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