4 个月前

三元组交互改进图变换器:使用三元组图变换器实现精确的分子图学习

三元组交互改进图变换器:使用三元组图变换器实现精确的分子图学习

摘要

图变换器通常缺乏三阶交互作用,这限制了它们在分子几何预测等任务中所需的几何理解能力。我们提出了一种三元图变换器(Triplet Graph Transformer, TGT),通过新颖的三元注意力和聚合机制,实现了节点三元组内成对节点之间的直接通信。TGT 首先从二维图中预测原子间距离,然后利用这些距离进行下游任务,应用于分子性质预测。一种新的三阶段训练过程和随机推理进一步提高了训练效率和模型性能。我们的模型在公开挑战基准 PCQM4Mv2 和 OC20 IS2RE 上取得了最新的最佳结果(State-of-the-Art, SOTA)。通过迁移学习,我们在 QM9、MOLPCBA 和 LIT-PCBA 分子性质预测基准上也获得了 SOTA 结果。此外,我们还通过在旅行商问题(Traveling Salesman Problem, TSP)上的 SOTA 结果展示了 TGT 的通用性。

代码仓库

shamim-hussain/egt_triangular
pytorch
GitHub 中提及
shamim-hussain/egt_pytorch
pytorch
GitHub 中提及
shamim-hussain/tgt
官方
pytorch
GitHub 中提及

基准测试

基准方法指标
drug-discovery-on-lit-pcba-aldh1EGT+TGT-At-DP
AUC: 0.806
drug-discovery-on-lit-pcba-kat2aEGT+TGT-At-DP
AUC: 0.746
drug-discovery-on-lit-pcba-mapk1EGT+TGT-At-DP
AUC: 0.743
graph-property-prediction-on-ogbg-molpcbaTGT-Ag+TGT-At-DP
Ext. data: Yes
Number of params: 47000000
Test AP: 0.3167 ± 0.0031
graph-regression-on-pcqm4mv2-lscTGT-At
Test MAE: 0.0683
Validation MAE: 0.0671
link-prediction-on-tsp-hcp-benchmark-setTGT-Agx4
F1: 0.871

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