4 个月前

为计算病理学系统配备伪影处理管道:计算与性能权衡的展示

为计算病理学系统配备伪影处理管道:计算与性能权衡的展示

摘要

组织病理学是癌症诊断的金标准,通过显微镜检查进行。然而,组织学处理程序会导致产生伪影,这些伪影最终会转移到玻璃切片的数字化版本中,即全切片图像(WSIs)。伪影是与诊断无关的区域,可能会导致深度学习(DL)算法的错误预测。因此,在计算病理学(CPATH)系统中检测并排除伪影对于可靠的自动化诊断至关重要。本文提出了一种专家混合(MoE)方案,用于检测五种显著的伪影,包括受损组织、模糊、折叠组织、气泡和组织学上无关的血液。首先,我们训练独立的二分类DL模型作为专家,以捕捉特定的伪影形态。然后,我们使用融合机制对它们的预测结果进行集成。为了提高MoE的敏感度,我们在最终的概率分布上应用了概率阈值处理。我们开发了两种基于MoE和两种基于最先进的深度卷积神经网络(DCNNs)及视觉变换器(ViTs)的多分类模型的DL管道。基于DCNNs和ViTs的MoE方案优于简单的多分类模型,并在来自不同医院和不同类型癌症的数据集上进行了测试,其中使用DCNNs的MoE方案取得了最佳效果。所提出的MoE在未见过的数据上达到了86.15%的F1分数和97.93%的敏感度得分,并且在推理过程中比使用ViTs的MoE具有更低的计算成本。尽管如此,与多分类模型相比,MoE的最佳性能伴随着相对较高的计算权衡。所提出的伪影检测管道不仅能够确保可靠的CPATH预测结果,还可能提供质量控制。

基准测试

基准方法指标
artifact-detection-on-histoartifactsDCNN-based MoE
1:1 Accuracy: 97.82
Avg F1: 86.15
Recall/ Sensitivity: 97.93

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