3 个月前

基于化学信息的分子表征学习

基于化学信息的分子表征学习

摘要

分子性质预测在人工智能辅助药物设计中具有重要意义,因其相较于生物实验具有更高的实验效率。由于图神经网络在多个领域已取得显著成功,一些研究将其应用于分子性质预测,并将每个分子视为一个图结构:分子中的原子被视作图的节点,化学键则被视作图的边。然而,现有大多数方法仅简单套用通用图神经网络,未充分考虑化学领域的先验知识。由于化学信息与分子功能密切相关,对实现精准的性质预测至关重要。为此,本文引入化学信息,通过融合分子指纹(即特定化学亚结构的存在或缺失)来学习更有效的分子表示。与多个强基准方法相比,所提出的方法显著优于现有方法。截至目前,该方法在开放图基准测试(Open Graph Benchmark, OGB)的 ogbg-molhiv 任务排行榜中位列第一。

基准测试

基准方法指标
graph-property-prediction-on-ogbg-molhivNeural FingerPrints
Ext. data: No
Number of params: 2425102
Test ROC-AUC: 0.8232 ± 0.0047
Validation ROC-AUC: 0.8331 ± 0.0054

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