3 个月前

基于空间图嵌入的分子性质预测

基于空间图嵌入的分子性质预测

摘要

准确预测分子性质对于新化合物的设计至关重要,是药物发现过程中的关键步骤。本文基于图卷积神经网络,利用分子图数据进行性质预测。此外,提出了一种卷积空间图嵌入层(Convolutional Spatial Graph Embedding Layer, C-SGEL),以保留分子结构中的空间连接信息。通过堆叠多个C-SGEL,构建了卷积空间图嵌入网络(Convolutional Spatial Graph Embedding Network, C-SGEN),实现端到端的表示学习。为进一步提升模型的鲁棒性,将分子指纹与C-SGEN相结合,构建了复合预测模型以实现分子性质的精准预测。对比实验结果表明,所提出的方法具有较高的预测精度,并在多个公开基准数据集上取得了最优性能。

基准测试

基准方法指标
graph-regression-on-lipophilicityC-SGEN+ Fingerprint
RMSE: 0.650

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