HyperAIHyperAI

Command Palette

Search for a command to run...

O-GNN:将环状先验信息融入分子建模

摘要

含有至少一个环状结构的环状化合物在药物设计中发挥着重要作用。尽管近年来基于图神经网络(GNN)的分子建模取得了显著进展,但大多数模型并未显式考虑分子中的环结构,从而限制了模型的表达能力。在本研究中,我们提出了一种新型GNN变体——环增强图神经网络(O-GNN),该模型在表征分子原子和化学键的同时,显式建模分子中的环结构。在O-GNN中,每个环由一个潜在向量表示,该向量能够接收来自原子和键的表示信息,并在迭代过程中不断更新。理论分析表明,仅需单层结构,O-GNN即可区分位于不同环上的两个同构子图,而传统的图卷积神经网络则需多层才能实现类似区分能力,这表明O-GNN具有更强的表达能力。实验结果表明,O-GNN在多个公开数据集上均表现出优异性能:在PCQM4Mv1基准测试中取得了当前最优的验证结果(超越此前KDDCup冠军方案),并在DrugBank数据集上的药物-药物相互作用预测任务中表现突出。此外,在分子性质预测与逆合成路径预测任务中,O-GNN亦显著优于未显式建模环结构的强基线模型。


用 AI 构建 AI

从创意到上线——通过免费 AI 协同编码、开箱即用的环境和最优惠的 GPU 价格,加速您的 AI 开发。

AI 协同编码
开箱即用的 GPU
最优定价

HyperAI Newsletters

订阅我们的最新资讯
我们会在北京时间 每周一的上午九点 向您的邮箱投递本周内的最新更新
邮件发送服务由 MailChimp 提供